Wojewoda Małopolski w 2014 r. wydał decyzję, w której ustalił odszkodowanie na rzecz pewnej spółki jawnej za przejęcie na rzecz Skarbu Państwa własności nieruchomości. Wysokość odszkodowania ustalono w oparciu o wartość określoną przez rzeczoznawcę majątkowego. Kwota odszkodowania została powiększona o 5 proc. wartości nieruchomości z tytułu jej wcześniejszego wydania.

Spółka złożyła odwołanie, ponieważ uznała, że do kwoty odszkodowania powinien zostać doliczony podatek VAT w wysokości 23 proc. Minister Infrastruktury nie uwzględnił jednak odwołania spółki. Wskazał, że wartość nieruchomości, która jest określana w operacie szacunkowym, musi być wartością nieobejmującą podatków i opłat lokalnych oraz innych obciążeń związanych z realizacją umowy. Obowiązek zapłaty podatku VAT od nieruchomości nie ma wpływu na wartość rynkową nieruchomości. Jeśli zatem wysokość odszkodowania odzwierciedla wartość rynkową utraconego prawa, to obowiązki publiczno-prawne związane z koniecznością zapłaty podatku nie mogą przekładać się na ocenę wysokości odszkodowania. Decyzja ta została zaskarżona do WSA w Warszawie. Spółka wskazywała, że brak powiększenia odszkodowania o kwotę VAT prowadzi do tego, że podatnicy VAT za taką samą nieruchomość uzyskują ostatecznie odszkodowanie niższe niż podmioty, które nie są płatnikami VAT. WSA nie podzielił jednak argumentacji przedsiębiorcy. Sąd przywołał przepisy ustawy o gospodarce nieruchomościami i argumentował, że wynikające z nich zasady dotyczące określenia wartości nieruchomości w kontekście odszkodowania, stosuje się tak samo do wszystkich podmiotów. Nie ma przy tym znaczenia to, czy są one podatnikami VAT, czy nie. Przepisy nie umożliwiają doliczenia do kwoty odszkodowania kwoty należnych podatków. Spółka nie zrezygnowała i powyższy wyrok zaskarżyła do NSA. Jednak i tym razem nie udało jej się uzyskać korzystnego rozstrzygnięcia.

NSA stanowczo stwierdził bowiem, że przepisy ustawy o gospodarce nieruchomościami wykluczają powiększenie odszkodowania za wywłaszczenie o kwotę należnego podatku od towarów i usług. W uzasadnieniu sąd przywołał wyroki Trybunału Konstytucyjnego, z których wynika, że „słuszne odszkodowanie” nie oznacza bynajmniej odszkodowania pełnego. W niektórych przypadkach odszkodowanie słuszne nie będzie więc w pełni ekwiwalentne. NSA przypomniał również, że ustawa o gospodarce nieruchomościami przewiduje odszkodowanie wyliczone w oparciu o wartość nieruchomości. Celem wypłaty odszkodowania jest bowiem zrekompensowanie wartości utraconego prawa, a nie całej szkody, która nastąpiła wskutek wywłaszczenia. Konieczność ustalenia wysokości odszkodowania w oparciu o wartość rynkową nieruchomości, zdaniem NSA, uniemożliwia podwyższenie tej wartości o podatek VAT. Taki zabieg prowadziłby do ustalenia odszkodowania w wysokości przewyższającej wartość rynkową nieruchomości. To zaś byłoby sprzeczne z przepisami ustawy. NSA traktuje obowiązek zapłaty podatku jako zdarzenie następcze w stosunku do ustalenia odszkodowania za nieruchomość, które nie powinno być brane pod uwagę przy ustalaniu wysokości odszkodowania.

W uzasadnieniu wyroku przywołano wiele innych orzeczeń, które mają potwierdzać, że pogląd NSA jest stanowiskiem mającym szerokie oparcie w dotychczasowym orzecznictwie

Wyrok ten z pewnością nie jest korzystny dla podatników. Organy z pewnością będą się na niego powoływały przy wykładni przepisów ustawy o gospodarce nieruchomościami.