W przedmiotowej sprawie spółka nabyła prawo użytkowania wieczystego nieruchomości wraz z prawem własności usytuowanych na niej budynków, w celu wybudowania na tej nieruchomości budynku mieszkalno-usługowego, a następnie sprzedaży lokali w tym budynku. Prawo użytkowania wieczystego zostało ustanowione na rzecz poprzedniego użytkownika wieczystego 9 czerwca 1995 r. W umowie spółka przejęła obowiązki wynikające z umowy o użytkowanie wieczyste, w szczególności co do sposobu korzystania z nieruchomości oraz co do terminu jej zagospodarowania. Termin zagospodarowania nieruchomości, ustalony w umowie dla poprzedniego użytkownika wieczystego, był kilkukrotnie przedłużany. W rezultacie, na dzień nabycia prawa użytkowania wieczystego przez Skarżącą, umowa o użytkowanie wieczyste określała termin rozpoczęcia budowy na 31 stycznia 2007 r. oraz termin zakończenia budowy na 31 grudnia 2008 r.

W związku z tym, że rozpoczęcie oraz zakończenie zabudowy nieruchomości było niemożliwe we wskazanych powyżej terminach, spółka złożyła do gminy wniosek o zmianę terminów zagospodarowania nieruchomości, wskazując w nim przesłanki uzasadniające, iż przekroczenie zagospodarowania nieruchomości w pierwotnym terminie nie było przez nią zawinione, lecz wynikało z przyczyn od niej niezależnych. Skarżąca podkreśliła, że zagospodarowanie nieruchomości w wyznaczonym terminie było niemożliwe ze względu na konieczność dokonania szeregu czynności formalno-prawnych, w szczególności uzyskania decyzji o warunkach zabudowy oraz pozwolenia na budowę. Gmina odmówiła przedłużenia terminu rozpoczęcia i terminu zakończenia zabudowy nieruchomości oraz wszczęła z urzędu postępowanie w sprawie ustalenia dodatkowej opłaty rocznej, na podstawie art. 63 ust. 2, ust. 3 i ust. 4 ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami (Dz. U. z 2010 r. Nr 17, poz. 95 ze zm.), w związku z niedotrzymaniem terminu rozpoczęcia zabudowy nieruchomości.

W wyniku negocjacji spółki z gminą, strony ustaliły, że: zostanie zawarty aneks do umowy użytkowania wieczystego, na mocy którego wyznaczony zostanie nowy termin zabudowy nieruchomości oraz zakończenia budowy, a spółka wniesie na rzecz gminy dobrowolne, jednorazowe świadczenie pieniężne w kwocie stanowiącej 10 proc. bieżącej wartości nieruchomości, jako rekompensatę za przedłużenie terminów zabudowy nieruchomości.

Spółka wskazała, ze suma opłaty dobrowolnej ustalona została w sposób znacznie korzystniejszy niż konsekwencje finansowe wynikające z dodatkowych opłat rocznych, o których mowa w art. 63 ustawy o gospodarce nieruchomościami oraz z art. 16 ust. 1 pkt 33 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, które groziłyby spółce w przypadku niewynegocjowania zmiany umowy i przedłużenia terminów zabudowy.

Skarżąca poprzez zawarcie porozumienia oraz uiszczenie jednorazowej opłaty dobrowolnej nie tylko uzyskała możliwość prowadzenia inwestycji na nieruchomości, lecz zmniejszyła istotnie koszty związane z jej użytkowaniem wieczystym, unikając przy tym dodatkowych opłat rocznych, do zapłaty których (w znacznie większej wysokości niż opłata dobrowolna). Na tle tak opisanego stanu faktycznego Skarżąca zapytała: czy może zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów kwotę zapłaconej na rzecz W. opłaty dobrowolnej w wysokości 10 proc. wartości nieruchomości za przedłużenie terminu zabudowy nieruchomości wynikającego z umowy o użytkowanie wieczyste? Zdaniem Skarżącej odpowiedź na powyższe pytanie powinna być twierdząca. W interpretacji indywidualnej Minister Finansów, z upoważnienia którego działał Dyrektor Izby Skarbowej w W., uznał stanowisko Skarżącej za nieprawidłowe.

Powołując się na art. 15 ust. 1 w zw. z art. 16 ust. 1 u.p.d.o.p. wyjaśnił, iż nie każdy wydatek poniesiony przez podatnika, nawet będący kosztem w sensie bilansowym i jednocześnie nie wymieniony w art. 16 ust. 1, będzie kosztem uzyskania przychodów. Kosztem podatkowym, zmniejszającym podstawę opodatkowania, jest bowiem tylko taki wydatek, który realizuje wskazany w art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. cel (widoczny w momencie jego ponoszenia).

Podniósł, że na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 33 u.p.d.o.p., ustawodawca wprost wyłączył z kosztów podatkowych opłaty dodatkowe za niezabudowanie bądź niezagospodarowanie gruntów w określonym terminie, oddanych w użytkowanie wieczyste.

Sprawa trafiła do sądu administracyjnego, który stwierdził, że:w świetle treści art. 15 ust. 1 p.d.p. decydującym kryterium przy kwalifikacji prawnej danego kosztu, jako kosztu uzyskania przychodów w rozumieniu tego przepisu, jest kryterium celu poniesienia kosztu; niezbędne jest istnienie bezpośredniego lub pośredniego tylko związku między kosztem a realizacją wymienionych w tym przepisie celów.

Podjęte przez podatnika działania polegające na uiszczeniu dobrowolnej opłaty na rzecz Miasta w celu doprowadzenia do przedłużenia terminów rozpoczęcia i zakończenia inwestycji oraz zabezpieczenia się przed negatywnymi konsekwencjami w postaci: kary, podniesienia wysokości opłaty za użytkowanie wieczyste i możliwości rozwiązania umowy, nie mogą być traktowane jako oddzielne zdarzenia, odseparowane od całokształtu jego działalności gospodarczej. Poszczególne podejmowane w ramach tej działalności czynności, jedne przynoszące bezpośrednie zyski, inne mniej zyskowne lub wręcz deficytowe, albo stanowiące wyłącznie nakłady, składają się na ostateczny finansowo-ekonomiczny wynik podatnika. Zabezpieczeniem źródła przychodów jest zabezpieczenie warunków prowadzenia działalności gospodarczej. W tym znaczeniu wydatek, jakim było uiszczenie opłaty, był celowy – wyjaśnił sąd. Powyższe tezy potwierdził Naczelny Sąd Administracyjny.